Technical University of Denmark adopsi TigerGraph

JAKARTA (IndoTelko) – TigerGraph, penyedia platform analitik grafik, mengumumkan bahwa Technical University of Denmark (DTU), universitas terkemuka dalam bidang ilmu teknis dan alam, akan menggunakan analitik grafik lanjutan milik TigerGraph dengan teknik pembelajaran mesin dan kecerdasan buatan untuk meningkatkan perawatan leukemia limfoblastik akut.

Para peneliti di DTU adalah anggota bagian dari sebuah proyek besar di Denmark dan Swedia yang memetakan materi genetik untuk semua penderita kanker masa kanak-kanak. Sebagai bagian dari kolaborasi yang lebih besar melalui iCOPE (Interregional Childhood Oncology Precision Medicine Exploration) yang didanai Uni Eropa, proses tersebut dimulai dengan tes darah pasien, dipadu dengan data ekspresi RNA-seq melalui Whole Genome Sequencing (WGS), yang kemudian digunakan untuk menemukan pola ekspresi menyimpang, yang memiliki kemungkinan berkorelasi atau disebabkan oleh mutasi penambah. Tujuan jangka panjang iCOPE adalah untuk meningkatkan diagnosa, perawatan, tingkat kesembuhan, dan situasi kehidupan anak-anak penderita kanker secara keseluruhan.

Proses tersebut menghasilkan sejumlah besar data yang, dengan TigerGraph, akan ditautkan dengan berbagai poin data lain terkait kehidupan, penyakit, dan pengobatan pasien, untuk lebih memahami mengapa anak-anak terjangkit kanker, sehingga dapat memberikan diagnosis lebih dini dan perawatan yang jauh lebih efektif.

“Sistem kami saat ini hanya menampung data mentah seperti data tersekuens berdasarkan genotipe dan genom keseluruhan. Data mentah tersebut diproses melalui pipeline khusus yang memperhitungkan varian genetik dan memberi anotasi data dalam sebuah database MySQL. Akan tetapi, kami membutuhkan sesuatu yang lebih mudah digunakan, khususnya oleh personel klinis, sehingga memungkinkan mereka untuk mencari data asosiasi genetik, yang merupakan kasus penggunaan yang sempurna untuk analitik grafik,” kata Mahasiswa Ph.D. di Departemen Teknologi Kesehatan, Biologi Sistem Kanker di DTU Jesper Vang.

DTU memilih platform database grafik on-premise yang dapat mendukung keperluan kinerja mereka dan telah mengevaluasi sejumlah opsi, seperti Neo4j. Akan tetapi, mereka menyimpulkan bahwa TigerGraph adalah satu-satunya platform yang dapat dikembangkan dan memberikan kedalaman analisis yang diperlukan proyek tersebut. Jesper menjelaskan, “Selama proses pengujian kami, TigerGraph adalah satu-satunya solusi yang menawarkan kinerja tertinggi dengan kemungkinan untuk dikembangkan pada skala yang akan kami butuhkan nantinya.”

DTU sekarang berada di tahap terakhir untuk sepenuhnya menjalankan seluruh sistem tersebut, yang sudah digunakan dalam sebuah proyek yang menggabungkan bidang kecerdasan buatan, pembelajaran mesin, dan bioinformatika translasional guna menciptakan model yang dapat memprediksi risiko kambuh ulang dan toksisitas dalam perawatan leukemia limfoblastik akut.

“Upaya di DTU dan di seluruh proyek iCOPE bersifat transformasionalis dan menyoroti bagaimana penerapan keunggulan klinis dengan teknologi inovatif dapat menghadirkan wawasan terobosan dalam bidang-bidang seperti ilmu kehidupan. Kami sangat senang atas ketersediaan Jesper yang akan mempresentasikan studi kasus lengkap tentang proyek tersebut pada Graph + AI Summit pada bulan April mendatang,” kata VP EMEA di TigerGraph Martin Darling.(ak)